Разом з тим царський уряд використав свої війська і фортеці на Запоріжжі не тільки для оборони краю, а й для встановлення контролю над З. С. в інтересах кріпосницької держави. З. С. поступово втрачала незалежність, зберігаючи, однак, автономію. В 2-й пол. 17 ст. шляхетська Польща, захопивши Правобережну Україну, почала нищити козацтво та реставрувати кріпосницькі порядки, а Крим і Туреччина розгорнули наступ на Україну. В той тяжкий час для українського народу запорізьке козацтво мужньо боролося проти польських, кримських і турецьких агресорів. Особливого значення набули походи запоріжців проти Польщі й Криму під проводом уславленого кошового отамана І.Сірка в 60-х-70-х роках 17 ст.
Запорізьке козацтво підтримувало також антифеодальні виступи народних мас Росії. Під час повстання на Дону під проводом К.Булавіна (1707—1708 рр.) запорізька сірома прийшла на допомогу донській голоті й мужньо билася з царськими карателями. Після поразки чимало повстанців знайшло притулок і захист на Запоріжжі.
Уряд царя Петра І розглядав З. С. як один з осередків визвольної боротьби. Після переходу на бік шведів гетьмана І.Мазепи та частини запорізької старшини й невеликої кількості козаків, царський уряд звинуватив усе запорізьке козацтво в зраді. За наказом царського уряду 14(25).V.1709 р. З. С. було зруйновано (т.зв. Стару Січ, яка містилася на о. Базавлук (Чортомлик)). Частина козаків перейшла на підвладну Кримському ханству територію і поблизу нинішнього Херсона заснувала т.зв. Олешківську Січ. Тут запоріжці потрапили у дуже складне становище. Відрив від рідного краю тяжко позначився на економічному побуті козацтва. Припинився і приплив утікачів з України. Крім того, хан, побоюючись запоріжців, заборонив їм споруджувати укріплення й користуватися гарматами. Бажання козаків повернутися на батьківщину здійснилося лише в 1734 р. Почавши підготовку до війни з Кримом і Туреччиною, царський уряд дозволив запоріжцям повернутися на Запоріжжя. В березні 1734 р. запоріжці заснували на р. Підпільній (рукаві Дніпра), поблизу колишньої Старої Січі, т.зв. Нову Січ.