Ранні роки 
I.М.Брюховецький народився біля Диканьки на Полтавщині. Дорошенко називає його "не натуральним русином". Яким Сомко взагалі називав Брюховецького поляком. Вперше він згадується в реєстрі Чигиринської сотні. Був старшим слугою (конюшим) у резиденції Богдана Хмельницького та виконував деякі дипломатичні доручення гетьмана. В 1659 р. Брюховецький під час гетьманських виборів їздив на Запоріжжя, щоб схилити запорожців підтримати кандидатуру Юрія Хмельницького. Незабаром Юрій став гетьманом, але Брюховецький покинув його. Він розумів, що молодий і бездарний новий гетьман не допоможе йому досягти високого чину. Залишившись на Запорізькій Січі, Брюховецький був обраний кошовим отаманом, а згодом і «кошовим гетьманом» (1659—1663 рр.).

Тим часом Юрій Хмельницький виявився недбалим гетьманом. У складних обставинах він розгубився, не дотримав присяги цареві, відновив Гадяцьку угоду 1659 року, за якою Україна шукала захисту Польщі. Цей вчинок викликав невдоволення лівобережних полків, і вони відмовилися слухати Юрія, заявивши, що хочуть мати нового гетьмана, вірного цареві. 1663 р. цар видав указ про вибори нового гетьмана.

Обрання гетьманом 
Брюховецький, будучи вмілим оратором, висунувши соціальні лозунги (зменшити податки, обмежити старшинське землеволодіння), став кандидатом на гетьманство. В червні 1663 р. у Ніжині на Чорній раді, тобто участь у якій брали не тільки козаки, але й усі інші стани держави, під підтиском московського війська на чолі з Д. Великоганіним Брюховецького було обрано гетьманом Лівобережної України. Інших претендентів на гетьманську булаву (Сомко, Золотаренко) та їхніх прихильників було на місці заарештовано московітами й після страчено.

Вірна служба Москві 
Боротьба з Польщею 
Три роки Брюховецький провів у війнах з поляками та правобережним гетьманом Тетерею, проводячи відверто промосковську політику. В 1663—1664 рр. козаки відбили останню спробу поляків захопити Лівобережжя. Король Ян Казимир із великими силами оточив Глухів, але зазнав поразки від козаків і російських військ. Спроби Брюховецького скорити собі Правобережжя зазнали невдачі, хоча він на якийсь час захопив Канів, Черкаси й Білу Церкву. Брюховецький спустошував й інші міста, але взяти Чигирин йому не вдалося, і під натиском козаків Тетері та поляків він відступив за Дніпро.

Зречення Переяславських статей 
Тим часом Брюховецький не виправдав сподівань українського народу в проведенні внутрішньої політики, розв'язанні соціальних питань. Відразу після обрання гетьманом Брюховецький уклав з Московською державою Батуринські статті 1663 р., які надавили Москві більше влади, ніж це було встановлено Переяславськими статтями.

Нова старшина в жадобі збагачення й утисках народу перевершувала своїх попередників. Отже, у боротьбі за булаву Брюховецький тільки прикривався народними інтересами й прагненнями. Ставши гетьманом, він одразу ж забув про все. Тепер свою булаву він намагався тримати за допомогою страху та жорстокостей. Найменший протест закінчувався конфіскаціями, ув'язненнями, стратами. Він жорстоко покарав і ті міста, що мусили здатися королеві Яну Казимиру. В зв'язку з цим популярність гетьмана швидко падала й він бачив свій кінець з боку собі подібної старшини. Щоб захиститись од народного гніву, Брюховецький задумав зміцнити свою владу за допомогою царя. 1665 р. разом із багатьма іншими полковниками він прибув до Москви (вперше для українських гетьманів), де їх шанобливо зустріли.

В грудні 1665 р. Брюховецький пописав Московські статті 1665, які значно обмеживши державні права Гетьманщини, посилили її адміністративну і фінансову залежність від Московського царства.

Там же гетьман одружився з дочкою московського боярина, сам одержав боярське звання, як і полковники, що його супроводжували. Тепер він підписувався так: «Вашего царского пресвитлого величества благодетеля мого милостивого боярин й гетман верного войска вашего царского вирньїй холоп й найнижший подножок пресвитлого престола, пресвитлого величества запорозкого Ивашка Брюховецкий». У володіння Брюховецькому передано у володіння Шептаківську волость на Чернігівщині.

На початку 1666 р. Брюховецький повернувся в Україну, де за допомогою генерального підскарбія Р. Ракушки-Романовського реформував фінансові справи держави.

Посилення московської влади 
Дуже скоро промосковська політика Брюховецький принесла важкі наслідки для України. Майже у всіх великих українських містах розмістилися російські гарнізони, значно розширилися права царських воєвод, які зосередили в своїх руках ряд військових і фінансових функцій (наприклад збирання податків в царську казну, заготівля хліба для утримання московських військ, грошові збори з українських купців тощо).

В 1666 р. було проведено майновий перепис населення Лівобережної України для визначення розмірів оподаткування. Все це викликало величезне незадоволення українського населення московською адміністрацією і особливо гетьманом, який призвів до її появи в Україні. Навіть та частина православного духовенства, яка підтримувала раніше промосковську орієнтацію гетьманів, відкрито запротестувала проти зростання московського впливу. Становище Брюховецького та його прибічників ставало небезпечним.

Спроба очолити повстання проти Москви 
Антимосковський рух після Андрусівського договору. 
Під впливом всенародного обурення Андрусівським договором 1667 р., який означав зраду Москви у визвольної війні з Польщею та поділ України у містах Лівобережжя відбулися великі виступи проти московських залог, спричинених загальним обуренням діяльністю московської адміністрації в Україні.

Брюховецький просив у Москви війська, щоб покарати всіх непослушних: всі збунтовані міста й села він передбачав вирізати, спалити і знищити. Але тут Москва не наважилась прислухатися до його порад. Тоді він вирішив за допомогою Петра Дорошенка самому стати на чолі повстання проти Москви, щоб таким чином зняти з себе народну нелюбов. У січні 1668 р. на старшинській рада Гадячі Брюховецький висловився за ліквідацію московської влади в Гетьманщині та перехід України під турецький протекторат. Рада прийняла цю пропозицію. Одночасно Брюховецький вступив у переговори з П.Дорошенком та вислав посольство у складі полковника лубенського Г. Гамалії, генерального обозного І. Безпалого і канцеляриста Кашперовича до Стамбулу.

Московські гарнізони, перелякані цим повстанням, справді у багатьох місцях добровільно йшли з України. Тільки в Києві і Чернігові утримались московські загони. На весну Брюховецький готувався до війни з московським військом на чолі з боярином Григорієм Ромодановським, яке вирушило через кордон для об'єднання військ посланців.

Вбивство власними військами та оголошення П.Дорошенка гетьманом 
Татари уклали союз з Брюховецьким, а із-за Дніпра ішов Дорошенко, як думав Брюховецький, йому на допомогу. Але з дороги Дорошенко прислав до Брюховецького своїх посланців з вимогою відмовитися від гетьманства і віддати клейноди, обіцяючи за те дати йому Гадяч в довічне володіння. Це як громом уразило Брюховецького. Він хотів чинити опір, заарештував посланців Дорошенка, але невдовзі підійшов сам Дорошенко і став біля Опішні (тепер Полтавська область). Тут проявилася народна неприхильність до Брюховецького; не врятувало його і повстання проти Москви.

Першими покинули його татари, потім козаки заявили, що не будуть битися з Дорошенком, і кинулись грабувати обоз Брюховецького. Схопили його самого і привели до Дорошенка, який був 8(18).6.1668 р. у с. Будищі поблизу Опішні — той велів прикувати його до гармати. При цьому жест Дорошенка козаки сприйняли за наказ покінчити з Брюховецьким — кинулись на нього зі страшенною люттю, били рушницями, списами, «як скаженого собаку», зірвали з нього одяг і кинули голого.

Дорошенко велів відвезти його в Гадяч і поховати в церкві, збудованій Брюховецьким. Потім вирушив проти боярина Г. Ромодановського, який обложив пограничне місто Котельву, але той не наважився виступати проти козаків і відійшов за кордон. Вслід за цим П.Дорошенка було оголошено гетьманом всієї України.