Реєстрових козаків звільнено від юрисдикції локальних урядів і піддано владі «козацького старшого» (перший «старший» — шляхтич Ян Бадовський). За Стефана Баторія реєстр збільшено до 600 козаків і козацьким старшим призначено черкеського старосту Михайла Вишневецького.
Реєстрові козаки одержали додаткові привілеї: звільнення від податків, право землеволодіння, самоуправління з назначеною старшиною; вони мали свій прапор, літаври й інші інсіґнії. Реєстрові козаки одержували платню грішми й одягом; їм передано на власність містечко Трахтемирів з Зарубським монастирем для розміщення арсеналу і військового шпиталю (див. Трахтемирівський монастир). Реєстрові козаки дістали офіційну назву Запоріжського або Низового війська, чим уряд хотів підкреслити, що справжнє Запоріжське військо — Запорізька Січ юридично для нього не існує.