Реєстрові козаки були зобов'язані відбувати службу на Наддніпрянщині й посилати за наказом польського уряду залоги на Дніпрові пороги. Намагання короля Стефана Баторія і його наступників контролювати через реєстр зростання українського козацтва виявилися марними.
Консолідаційний процес козаччини під кінець 16 ст. концентрувався навколо двох різних осередків: Запорожської Січі на Низу і Трахтемирова. Січ стала вогнищем незалежного революційного козацтва, а Трахтемирів реєстрового, яке репрезентувало назагал консервативні козацькі кола.